Index

_

__init__() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.MergeHostGuestTopology method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianGuest method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHostGuest method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) (qmmmrebind.parameterize.RunOpenMMSims method) (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveParams method) (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method)

A

analyze_diff_energies() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method)

C

clean_up() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) copy_file() (in module qmmmrebind.parameterize) create_host_guest() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method)

create_non_H_bonded_torsion_drive_dir() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) create_non_H_torsion_drive_dir() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) create_solvent_pdb() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) create_torsion_drive_dir() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method)

D

dihedral_energy() (in module qmmmrebind.parameterize)

dot_product() (in module qmmmrebind.parameterize)

E

element_list (in module qmmmrebind.parameterize)

error_function() (in module qmmmrebind.parameterize) error_function_boltzmann() (in module qmmmrebind.parameterize)

F

fit_params() (in module qmmmrebind.parameterize) force_angle_constant() (in module qmmmrebind.parameterize)

force_angle_constant_special_case() (in module qmmmrebind.parameterize) force_constant_bond() (in module qmmmrebind.parameterize)

G

gen_init_guess() (in module qmmmrebind.parameterize) generate_mm_pdbs() (in module qmmmrebind.parameterize) generate_xml_antechamber() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) generate_xml_from_charged_pdb_sdf() (in module qmmmrebind.parameterize) (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) generate_xml_from_doubly_charged_pdb_sdf() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) generate_xml_from_pdb_sdf() (in module qmmmrebind.parameterize) (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method) generate_xml_from_pdb_smi() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) get_atom_names() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_bond_angle_params() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_bond_angles() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_charges() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_dihedrals() (in module qmmmrebind.parameterize) get_fchk() (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianGuest method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHost method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHostGuest method)

get_guest_coord() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) get_hessian() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_host_mm_region_atoms() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) get_host_qm_mm_atoms() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) get_mm_potential_energies() (in module qmmmrebind.parameterize) get_non_torsion_mm_energy() (in module qmmmrebind.parameterize) get_proper_dihedrals() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) get_qm_energies() (in module qmmmrebind.parameterize) get_qm_host_guest_charges() (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHostGuest method) get_qm_mm_regions() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) get_qm_resids() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) get_tor_params() (in module qmmmrebind.parameterize) get_torsional_lines() (in module qmmmrebind.parameterize) get_unprocessed_hessian() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) get_vibrational_scaling() (in module qmmmrebind.parameterize) get_xyz() (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeGuest method) (qmmmrebind.parameterize.ParameterizeHost method) GuestAmberXMLAmber (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

H

HostAmberXMLAmber (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

L

list_diff() (in module qmmmrebind.parameterize) list_hartree_kcal() (in module qmmmrebind.parameterize)

list_kJ_kcal() (in module qmmmrebind.parameterize) list_to_dict() (in module qmmmrebind.parameterize)

M

merge_topology_files() (qmmmrebind.parameterize.MergeHostGuestTopology method) merge_topology_files_system_solvent() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) MergeHostGuestTopology (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

method_basis_scale_dict (in module qmmmrebind.parameterize) module qmmmrebind qmmmrebind.parameterize, [1]

O

objective_function() (in module qmmmrebind.parameterize)

P

parameterize_solvent_pdb() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) ParameterizeGuest (class in qmmmrebind.parameterize), [1] ParameterizeHost (class in qmmmrebind.parameterize), [1] PrepareGaussianGuest (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

PrepareGaussianHost (class in qmmmrebind.parameterize) PrepareGaussianHostGuest (class in qmmmrebind.parameterize), [1] PrepareQMMM (class in qmmmrebind.parameterize), [1] PrepareSolvatedParams (class in qmmmrebind.parameterize)

Q

qmmmrebind module

qmmmrebind.parameterize module, [1]

R

realign_guest() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) remove_mm_files() (in module qmmmrebind.parameterize) reverse_list() (in module qmmmrebind.parameterize) run_gaussian() (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianGuest method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHost method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHostGuest method)

run_openmm_prmtop_inpcrd() (qmmmrebind.parameterize.RunOpenMMSims method) run_openmm_prmtop_pdb() (qmmmrebind.parameterize.RunOpenMMSims method) run_openmm_solvent_prmtop_inpcrd() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) run_openmm_solvent_prmtop_pdb() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) run_openmm_system_solvent_prmtop_inpcrd() (qmmmrebind.parameterize.PrepareSolvatedParams method) run_torsion_sim() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) RunOpenMMSims (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

S

save_amber_params() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method) save_host_mm_regions_pdbs() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method)

save_host_pdbs() (qmmmrebind.parameterize.PrepareQMMM method) scale_list() (in module qmmmrebind.parameterize) search_in_file() (in module qmmmrebind.parameterize) serialize_system() (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method)

T

torsiondrive_input_to_xyz() (in module qmmmrebind.parameterize)

TorsionDriveParams (class in qmmmrebind.parameterize), [1] TorsionDriveSims (class in qmmmrebind.parameterize), [1]

U

u_PA_from_angles() (in module qmmmrebind.parameterize), [1]

uniq() (in module qmmmrebind.parameterize) unit_vector_N() (in module qmmmrebind.parameterize), [1]

V

versions (in module qmmmrebind)

W

write_input() (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianGuest method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHost method) (qmmmrebind.parameterize.PrepareGaussianHostGuest method) write_psi4_input() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) write_reparameterised_system_xml() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method)

write_reparams_torsion_lines() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveParams method) write_reparams_torsion_lines_charged() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveParams method) write_system_params() (qmmmrebind.parameterize.GuestAmberXMLAmber method) (qmmmrebind.parameterize.HostAmberXMLAmber method) write_tor_params_txt() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) write_torsion_drive_run_file() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveSims method) write_torsional_reparams() (qmmmrebind.parameterize.TorsionDriveParams method)

X

xyz_to_pdb() (in module qmmmrebind.parameterize)